Füzuli şəhəri və rayonun böyük hissəsi 23 avqust 1993-cü il tarixində erməni silahlı qüvvələri tərəfindən işğal olunmuşdur. Ermənistanın silahlı qüvvələri ilə mübarizədə rayon sakinlərindən 400 nəfərədək müharibə əlili, 663 nəfər şəhid olmuşdur, 181 nəfər əsir və itkin düşmüşdür.
Füzuli rayonunda işğaldan əvvəl 2 şəhər, 16 qəsəbə, 82 kənd və başqa yaşayış məntəqələri mövcud olmuşdur.
Füzuli Qarabağ dağ silsiləsinin cənub şərq ətəklərindən Araz çayına qədər maili düzənlik və alçaq sahələri əhatə edir.
Rayon Cəbrayıl, Xocavənd, Ağcabədi, Beyləqan rayonları, habelə Araz çayı boyunca İranla həmsərhəddir. Füzuli rayonunun ərazisi 1386 km², əhalisi isə təxminən 144 min nəfərdir. Ərazidə axan Quruçay, Köndələnçay, Çərəkən çayları Araz hövzəsinin çaylarıdır. Azərbaycanın iri yaşayış məskənlərindən olan Füzulinin əsası 1827-ci ildə qoyulmuşdur. Qarabulaq adlanan yaşayış məskəninin əsasında 1930-cu ildə rayon təşkil olunmuş və Qaryagin adlandırılmışdır. 1959-cu ilin aprelində böyük Azərbaycan şairi Məhəmməd Füzulinin anadan olmasının 400 illiyi şərəfinə Qaryagin rayonunun adı dəyişərək Füzuli rayonu adlandırılmışdır. İşğaldan öncə Füzuli rayonu tarixi-dini abidələrlə, xüsusən də türbələrlə zəngin bir ərazi olmuşdur. Bu abidələr sırasına rayonun Babı kəndində yerləşən səkkizguşəli Şeyx Babi Yaqub (XIII əsr) türbəsini, Aşağı Veysəlli kəndində XIV əsrə aid Mirəli türbəsini, Əhmədalılar kəndində orta əsr qəbiristanlığının ərazisində sənduqə formalı qəbirdaşının üzərindəki türbəni, XIX əsrin Cəlil türbəsini aid etmək olar.
5 yanvar 1994-cü ildə Azərbaycan Respublikası Silahlı Qüvvələrinin hücumu nəticəsində Füzuli rayonun 22 yaşayış məntəqəsi işğaldan azad olunmuşdur. O zaman işğaldan azad olunmuş ərazilərdə hazırda rayon əhalisinin 50%-ə qədəri yaşayırdı.
Ermənistanın təxribatlarına cavab olaraq Prezident, Müzəffər Ali Baş Komandan İlham Əliyevin komandanlığı ilə 2020-ci il 27 sentyabr tarixində başlayan Vətən müharibəsində Füzuli şəhəri daxil olmaqla rayonun 62 yaşayış məntəqəsi işğaldan azad edilmişdir. Füzuli əməliyyatı Azərbaycan Ordusunun İkinci Qarabağ müharibəsində cənub-şərq cəbhəsində baş vermiş ən əhəmiyyətli döyüşlərdən biri olub.
Füzulinin təmas xəttində yerləşən bir neçə müdafiə xəttinin yarılması Azərbaycana strateji üstünlüklər vermişdir. Füzuli uğrunda aparılmış döyüşlər Vətən müharibəsi zamanı ən ağır döyüşlərdən olmuşdur. 30 il ərzində düşmən təmas xəttində möhkəm istehkam qurmuşdu. Hətta ən tanınmış hərbi mütəxəssislər də belə fikirdə idi ki, Füzulini işğaldan azad etmək üçün bəlkə aylarla vaxt lazım olacaq. Lakin Füzuli uğrunda döyüşlərdə Ordumuzun şücaəti qarşısında düşmən son mərhələdə öz silahlarını yerə qoyub qaçmışdı.
Fizuli rayonunun işğaldan azad olunmasından sonra 2020-ci il noyabrın 26-da “Füzulinin azad olunmasına görə” medalı təsis edildi. Prezident, Müzəffər Ali Baş Komandan İlham Əliyevin sərəncamları ilə Füzuli rayonunun işğaldan azad edilməsi uğrunda aparılmış döyüş əməliyyatlarında iştirak edərək şəxsi igidlik və şücaət nümayiş etdirmiş Azərbaycan Respublikası Silahlı Qüvvələrinin 25301 hərbi qulluqçusu “Füzulinin azad olunmasına görə” medalı ilə təltif olunmuşdur.
Füzuli rayonu işğaldan azad olunduqdan sonra Prezident, Müzəffər Ali Baş Komandan İlham Əliyev 9 dəfə Füzuliyə səfər edib. Füzuli şəhərində Azərbaycan bayrağının ucaldılması, Füzuli-Şuşa avtomobil yolunun – Zəfər yolunun, Əhmədbəyli-Füzuli-Şuşa avtomobil yolunun 27-ci kilometrində Füzuli-Şuşa yolunun, həmçinin Füzuli rayonunda hava limanının, 180 çarpayılıq xəstəxananın, Füzuli-Hadrut avtomobil yolunun, Füzuli-Ağdam avtomobil yolunun, Dövlətyarlı kəndində “Ağıllı kənd”in, Rəqəmsal Stansiya İdarəetmə Mərkəzinin, Çoxmənzilli yaşayış məhəlləsinin, Peşə Liseyinin təməlqoyma mərasimlərində, Füzuli şəhərlərinin Baş planının təsdiqlənməsində iştirak edib, Horadiz-Ağbənd, Ağdam-Füzuli yollarının inşası ilə tanış olub, Füzuli rayon ictimaiyyətinin nümayəndələri ilə görüşüb, cəmi 8 ay ərzində inşa olunan və “Qarabağın hava qapısı” adlandırılan Füzuli Beynəlxalq Hava Limanının açılış mərasimində iştirak edib. Füzuli rayonunun Qaraxanbəyli kəndində 27 Sentyabr – Anım Gününə həsr olunmuş xatirə lövhəsini ziyarət edib.